La gouvernance mise en place pour le Plan Rhône est commune au CPIER et au Programme Opérationnel Plurirégional FEDER afin de faciliter la mise en synergie des actions.
La gouvernance du Plan Rhône a pour fonctions de définir ses orientations stratégiques, d’organiser la concertation et la cohérence des décisions entre partenaires, d’arrêter les principaux objectifs et de vérifier qu’ils sont atteints en veillant à l’adéquation des moyens affectés aux actions mises en œuvre, d’évaluer et réorienter le cas échéant ces actions, et enfin d’en assurer la communication.
Le Plan Rhône est piloté par deux instances : Le secrétariat technique prépare les réunions de ces deux instances.
